Lo devi mettere nelle pagine in cui tu vuoi che vengano rilevate le statistiche.
Se lo metti solo in home page, ti conta solo le visite della home page.
Se lo vuoi in tutte, e hai un footer uguale per tutte, mettilo in footer.php, in fondo.
Comunque, per il futuro, non è una domanda di WP, Histats ha un ottimo forum di supporto in italiano, oltre ad avere tutte le informazioni per l’inserimento del codice.