E’ un problema noto. Non si riescono a mettere “box” sopra i Flash (se non con tecniche avanzate “da programmatori”).
Cerca un’alternativa al menù a tendina oppure sposta il Flash più sotto.
Tra l’altro, con Firefox vedo correttamente le tendine sopra ai Flash di pubblicità che hai… quindi potrebbe essere un problema che si presenta solo nei browser più vecchi (es. Internet Explorer).